重慶地區水係發達，河流縱橫，境內流域麵積大於100平方千米的河流有274條，其中流域麵積大於1000平方千米的河流42條，包括長江、嘉陵江、渠江、涪江、烏江、芙蓉江、阿蓬江、綦江、酉水等。這些河流除任河注入漢江，酉水注入北河彙入沅江（洞庭湖）、瀨溪河和清流河注入沱江外，其餘均在境內注入長江彙進三峽水庫。長江自西南向東北橫貫全境，烏江、嘉陵江為南北兩大支流，形成不對稱的、向心的網狀水係。

1.長江河流長度6296千米，流域麵積1786723平方千米，由7000餘條大小支流組成，發源於青藏高原唐古拉山主峰各拉丹冬西南側，在江津區進入重慶，流經江津、永川等18區縣，在巫山縣碚石出境，重慶市境內河長691千米，境內流域麵積82370平方千米，入重慶市境水量2769億立方米，出境水量4290億立方米。

2.嘉陵江河流長度1132千米，流域麵積158958平方千米，是長江水係中流域麵積最大的支流，發源於陝西省鳳縣秦嶺山脈代王山南側，在合川區進入重慶，渝中區朝天門彙入長江，流經合川、北碚、沙坪壩、渝中等6區縣，重慶市境內河長152千米，境內流域麵積9590平方千米。

3.烏江河流長度993千米，流域麵積87656平方千米，流域平麵形態呈狹長弧形，由西南向東北轉為北向，源頭位於貴州省西部烏蒙山，在酉陽龔灘進入重慶，於涪陵區市區東彙入長江，流經酉陽、彭水、武隆、涪陵等4區縣。重慶市境內河長223千米，境內流域麵積15753平方千米。

4.綦江河流長度223千米，流域麵積7089平方千米，長江右岸支流，發源於貴州省習水縣仙源鎮黃瓜埡，由南向北流經桐梓縣、重慶綦江區，於江津區支坪街道彙入長江。重慶市境內河長157.5千米，境內流域麵積4751平方千米。

5.龍溪河河流長度238千米，流域麵積3248平方千米，長江左岸支流，發源於重慶市梁平區梁山鎮，流經梁平區、墊江縣、長壽區，於長壽區鳳城東入長江，是中國以發電為主要目的的最早實現梯級開發的河流。

6.大寧河河流長度181千米，流域麵積4366平方千米，長江左岸支流，發源於重慶市巫溪縣高樓鄉，流經開州區、巫溪縣、巫山縣，至巫山縣城巫峽鎮彙入長江。

7.酉水河流長度484千米，流域麵積19344平方千米，沅江最大支流，發源於鄂西山地火燒堡東南麓，流入重慶後經酉陽縣、秀山縣出境，重慶市境內河長98.6千米，境內流域麵積4851平方千米。

8.任河河流長度219千米，流域麵積4902平方千米，漢江右岸一級支流，發源於重慶市城口縣境內大巴山南麓的大燕山，自東南流向西北出重慶，重慶市境內河長128千米，境內流域麵積2345平方千米。

9.涪江，長江支流嘉陵江的右岸最大支流。發源於四川省鬆潘縣與平武縣之間的岷山主峰雪寶頂。涪江南流經四川省平武縣、江油市、綿陽市、三台縣、射洪市、遂寧市、重慶市潼南區、銅梁區等區域，在重慶市合川區彙入嘉陵江。全長700千米（一說670千米），流域麵積3.64萬平方千米。